テンプレートから作成した場合でも、入力枠はそのまま書類だけ差し替えることが可能です。

テンプレートを反映した状態で書類設定画面に進み、
右上に「このPDFを差し替える」ボタンを押して
フォルダより差し替えたいPDFデータを選択してください。